1、計算機在審計過程中的采用的主要是通用的辦公自動化軟件，由于這些軟件一般都存在定義方便、自由度較大等特點，而且在審計應用時不易形成統一的操作模式，并且因辦公自動化軟件普遍存在規(guī)范程度較低、缺乏系統性、各底稿間難以做到有機連接等特點，審計單位的審計人員實際操作過程中很難做到與被審單位的計算機信息系統連接，從而直接獲取審計所需數據的目的。

        2、計算機審計在審計時首先要確保對被審計單位各種財務數據真實性、合法性、正確性進行科學認定，然后在認定過程中必然還會被審計單位財務軟件所包含對其電子數據的載體的安全性、可靠性的認定。需要特別注意的是一定要注意計算機內信息的安全性、保密性，因為由于計算機信息系統的特殊性，使得被審計單位的計算機審計在審計的過程中所面臨許多的不確定因素增多，給計算機審計加大了風險指數。

        3、在審計過程中由于被審計單位網絡、信息系統及數據庫、應用軟件的不穩(wěn)定性，在進行計算機審計時，電子數據一般存在容易被改變、被復制和被消除性的特征，甚至被審計單位信息系統目前難以實現直接查閱源程序等現象，這些現象必然會帶來新的審計風險。

        4、現行的審計準則無法滿足計算機審計的需要，用現行審計準則中界定的具體審計目標來指導計算機審計行為，與現實的需要出現不符，而且也使審計面會顯得比較狹窄，在實際規(guī)范和管理過程中無法涵蓋計算機審計的全部待審內容，審計準則的缺失會使審計工作失去權威標準，審計風險自然加大。

        5、計算機審計專業(yè)人才匱乏。由于計算機審計所具有的固有復雜性特征，對具體從事的人員要求比較嚴格，需要具備會計、審計、計算機操作、網絡技術等知識的綜合人才，隨著國家審計署計算機審計人才培訓力度的逐年加大，一般審計機關已初步具有計算機審計的專業(yè)人才，但由于計算機審計的特征要求，目前還有諸多的審計人員不能完全滿足工作的需求。